ARCHIVBEITRAG ::: Aktuelle Laborinformation vom 3. September 2021
Screening auf SARS-CoV-2-Virusvarianten: Umstellung des PCR-Algorithmus zur schnelleren Detektion der führenden Delta-Variante
Seit einiger Zeit ist die SARS-CoV-2-Variant of Concern (VOC) B.617.2 (Delta) die vorherrschende Virusvariante in Deutschland. Um eine schnelle Detektion dieser Delta-Variante zu ermöglichen, haben wir unseren Algorithmus zum Screening auf SARS-CoV-2-VOCs mittels Target-PCRs angepasst:
Neuer PCR-Algorithmus
Ab sofort wird initial eine PCR auf die Spike-Gen-Mutation L452R durchgeführt. Der Nachweis dieser Mutation ist, wie bereits in der >> Laborinformation vom 13. Juli 2021 mitgeteilt, hinweisend auf die Delta-Variante. Neben der Delta-Variante kommt die Mutation u.a. bei der VOI B.1.617.1 (Kappa) sowie den neu aufgetretenen Untervarianten der Delta-Variante (z.B. AY.X etc.) vor.
Falls die Mutation L452R bei positiven SARS-CoV-2-Ergebnissen nicht nachweisbar ist, wird eine weitere Abklärung in Bezug auf die VOC B.1.1.7 (Alpha), VOC B.1.351 (Beta) und VOC B.1.1.28 P.1 (Gamma) mittels Target-PCRs durchgeführt.
Übersicht über die Befundkonstellationen der mutationsspezifischen Target-PCRs bei den einzelnen VOC:
| Spike-Protein-Variation | Genetische Variation | VOC B.1.1.7 (Alpha) | VOC B.1.351 (Beta) | VOC B.1.1.28 P.1 (Gamma) | VOC B.1.617.2 (Delta) | VOI B.1.617.1 (Kappa) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Mutation L452R | T22917G | x | x | |||
| Mutation N501Y | A23063T | x | x | x | ||
| Deletion ΔHV69.70 | del21765-70 | x | ||||
| Mutation E484K | G23012A | x | x | |||
| Mutation K417N | G22813T | x |
Zur weiteren Abklärung erfolgt eine Gesamt-Genomsequenzierung zur Virustypbestimmung. Sie wird gemäß der Coronavirus-Surveillanceverordnung und zusätzlicher Vorgaben der Länder veranlasst. Dies ist jedoch nur bei Proben mit einem Ct-Wert < 26 möglich. Zusätzlich kann die Gesamt-Genomsequenzierung in speziellen Fällen gezielt nachgefordert werden. Nur mittels Gesamt-Genomsequenzierung kann eine Detektion und Differenzierung der neu beschriebenen Delta-Untervarianten AY.X erfolgen.
Zur Erinnerung
Bitte denken Sie weiterhin an die Anforderung "ggf. VOC-PCR" bei der Anforderung einer SARS-CoV-2-PCR, sofern Sie nicht die Online-Laboranforderung nutzen. Ansonsten kann das PCR-Screening auf die Delta-Variante und andere VOCs nur nach Nachforderung und somit verzögert erfolgen.
siehe auch neuere Laborinformation:
>> Aktuelle Laborinformation vom 12.11.2021: Aussetzen des SARS-CoV-2-Mutationsscreening mittels Target-PCR
Archivbeitrag zu diesem Thema:
>> Aktuelle Laborinformation vom 13.07.2021: Erweitertes Screening auf Virusvarianten mittels Target-PCRs
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